En 2005, la universidad inicia un esfuerzo sustantivo por mejorar su institucionalidad. Se reestructura su sistema de gobierno corporativo separando las funciones de control de las funciones de gestión; se elabora un estatuto que fija la esfera de competencia de cada uno de sus órganos, los deberes que pesan sobre ellos y el ámbito de su autoridad; y se define el sistema de designación de cargos.
2002-2012: Universidad con carreras de pregrado en todas las disciplinas 